一つの受注で配送伝票が2枚以上ある場合の対処方法を教えてください。

配送伝票番号は1受注（＝1つの決済）につき、1つ登録する必要があります。
荷別れする場合は、以下いずれかの対処方法をご検討ください。

1. 受注を分割する
2. いずれか1つの配送伝票を登録し、必要に応じてその他の配送伝票番号をメモなどに登録する(非推奨)