送料や支払い手数料を除く商品金額にのみ消費税を課税する方法を教えてください。

商品金額にのみ消費税を課税することはできません。

合計金額の算出方法は一般的に「（商品の販売価格 + 手数料 + 送料）× 消費税」となります。
したがって「商品金額」にのみ消費税を課税し、その金額から「割引」「支払い手数料」「送料」を適用することはできません。

なお、商品の販売価格を税込設定し、税率を0%とすることで対応は可能ですが、確認画面で「消費税」の項目が表示されたり、メールテンプレートにも記載されたりするなど、ショップ独自で対応・考慮すべく影響範囲が大きいため、推奨はしていません。

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• 参考: 税込価格でのご運用につきまして